strain	numRAYTs	NumREPINsLargestCluster	masterSequence	mastersequenceFreq	allREP	numberOfRepinClusters	allREPINs	REPINNumMasterDist_3
Smalt_FDAARGOS_1044	3	280	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGAGGTTGCCGGCCAGCGGCCGG	41	729	2	631	230
Smalt_AB550	2	141	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	74	344	1	142	141
Smalt_FDAARGOS_325	2	183	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	92	421	1	184	182
Smalt_Col1	2	27	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGAGGTTGCCGGCCAGCGGCCGG	7	133	2	95	30
Smalt_PEG-42	3	79	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGGGTTGCCGGCCAGCGGCCGG	8	263	2	187	74
Smalt_PEG-173	4	115	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	52	257	1	117	117
Smalt_R551-3	2	122	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	71	244	1	122	122
Smalt_O1	3	217	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	102	460	1	220	217
Smalt_sm454	3	199	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	92	415	1	202	199
Smalt_CF13	1	169	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	89	388	1	171	168
Smalt_CPBW01	3	18	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	4	98	1	18	18
Smalt_FDAARGOS_507	3	178	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	95	411	1	181	178
Smalt_MER1	2	73	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	43	203	1	74	73
Smalt_sm-RA9	2	129	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	82	250	1	129	129
Smalt_ISMMS3	3	137	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	71	265	1	141	137
Smalt_JV3	3	212	AGGTTGCCGGCCAGCGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	32	447	2	413	173
Smalt_ISMMS2	3	37	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGAGGTTGCCGGCCAGCGGCCGG	10	123	2	92	38
Smalt_NEB515	2	204	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	107	436	1	208	205
Smalt_K279a	2	308	AGGTTGCCGGCCAGCGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	36	677	3	635	236
Smalt_KMM349	2	127	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	75	250	1	127	127
Smalt_PEG-141	4	160	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	76	366	1	173	166
Smalt_NCTC13014	3	76	AGGTTGCCGGCCAGCGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	8	218	3	184	55
Smalt_W18	4	89	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGGGTTGCCGGCCAGCGGCCGG	9	265	2	196	78
Smalt_ICU331	2	185	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	87	424	1	190	186
Smalt_SJTH1	3	80	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGAGGTTGCCGGCCAGCGGCCGG	15	220	2	187	68
Smalt_SoD9b	2	179	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	77	470	1	200	179
Smalt_PEG-305	2	240	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	85	511	1	242	239
Smalt_SJTL3	2	226	AGGTTGCCGGCCAGCGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	32	512	3	469	194
Smalt_D457	3	115	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	57	300	1	116	115
Smalt_T50-20	4	155	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	82	369	1	157	155
Smalt_Sm53	3	203	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	89	429	1	204	203
Smalt_PEG-68	3	110	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	57	293	1	112	112
Smalt_NCTC10257	3	280	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGAGGTTGCCGGCCAGCGGCCGG	41	729	2	631	230
Smalt_PEG-390	4	72	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	31	191	1	75	73
Smalt_NCTC10498	3	202	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	101	548	1	226	202
Smalt_OUC_Est10	3	103	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	61	222	1	104	104
Smalt_NCTC10259	3	99	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	49	293	1	101	99
Smalt_NCTC10258	3	286	AGGTTGCCGGCCAGCGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	36	637	2	599	218
Smalt_DHHJ	4	175	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	84	355	1	175	175
Smalt_U5	3	97	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	56	260	1	100	99
Smalt_ISMMS2R	3	37	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGAGGTTGCCGGCCAGCGGCCGG	10	123	2	92	38
Smalt_AA1	4	87	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	67	228	1	87	87
Smalt_X28	2	115	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	59	264	1	116	116
Smalt_WP1-W18-CRE-01	3	203	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	92	450	1	205	203
Smalt_SM866	4	190	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	104	399	1	191	190
Smalt_FDAARGOS_649	3	194	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	89	539	1	212	194
Smalt_CSM2	3	125	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	55	288	1	128	125
Smalt_FDAARGOS_92	3	189	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	90	407	1	191	190
Smalt_SKK55	2	49	GTAGTGCCGGCCGCTGGCCGGGTAGTGCCGGCCGCTGGCCGG	14	162	1	50	49